De AMS is een zelfstandige school met een eigen schoolbestuur. Het bestuur van de Stichting De Amsterdamse Montessori School is het wettelijk bevoegd gezag en beheert de school: interne en externe contacten, onderwijsinhoudelijke zaken, financiën, personele zaken, huisvesting en onderhoud. Samen met de directie, het team en de medezeggenschapsraad stelt het bestuur de beleidslijnen van de school vast en draagt daarvoor de eindverantwoordelijkheid.
Veel scholen vallen met meerdere scholen onder één bestuur. De Amsterdamse Montessori School heeft – als een van de weinige Amsterdamse scholen – een zelfstandig bestuur. Daardoor worden beslissingen genomen door mensen die dicht op de organisatie staan. Die de leerlingen, de leerkrachten en de ouders goed kennen. Wij denken dat dit bijdraagt aan een inspirerende en plezierige omgeving.
De Amsterdamse Montessori School zit in het samenwerkingsverband BOVO (Bovenschools Overleg) met andere basisscholen in Amsterdam Zuid.
Zelfstandige scholen vallen onder het bijzonder onderwijs. Om die reden vraagt de AMS een vrijwillige ouderbijdrage die gebaseerd is op het solidariteitsprincipe, dus afhankelijk van de inkomenssituatie van ouders. Met de bijdragen van de de overheid en de ouders zorgen we voor een school met veel extra aandacht voor de ontplooiing van kinderen. De school vindt het namelijk belangrijk om tijdens schooluren ook aandacht te besteden aan extra activiteiten rondom de expressievakken en aan vaardigheden die kinderen nodig hebben om zich zelfstandiger te ontwikkelen.